Mehr als zehn Jahre nach den Ereignissen des ersten Films haben Jake und Neytiri eine Familie gegründet. Ihre Kinder sind Neteyam, Lo'ak und Tuktirey, der adoptierte Menschenjunge Miles "Spider? Socorro und die adoptierte Na'vi-Teenagerin Kiri. Doch ihre Heimat ist weiterhin nicht sicher - das müssen sie feststellen, als die Resources Development Administration (RDA) unter Führung von General Ardmore mit noch mehr Militär und einem alten Bekannten nach Pandora zurückkehrt, um den Planeten zur neuen Heimat der Menschheit zu machen. Bald sehen sich Neytiri, Jake und ihre Familie gezwungen, ihr Zuhause zu verlassen und beim Na'vi-Stamm der Metkayina Zuflucht zu suchen, der an den Küsten und Meeren des Mondes Pandora lebt und von der schwangeren Ronal und ihrem Mann Tonowari angeführt wird.

Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Obwohl er sich nach persönlichen Schicksalsschlägen längst zur Ruhe gesetzt hat, lässt sich Psychiater Dr. Clancy von dem FBI-Mann Merriweather überreden, sich an der Aufklärung einer mysteriösen Mordreihe zu beteiligen. Clancy hat seherische Fähigkeiten und liefert tatsächlich wertvolle Hinweise, auch wenn Merriweathers junge Kollegin Katherine große Zweifel hat. Der Fall nimmt eine ungeahnte Wendung, als Charles Ambrose auftaucht - ein verdächtiger Mann, der ebenfalls seherische Fähigkeiten besitzt.

Eine US-Stadt wird über Nacht von nordkoreanischen Invasoren besetzt und die Bevölkerung interniert. Wie die Bewohner feststellen müssen, ist ihre Heimatstadt das Hauptziel der Nordkoreaner. Die Einwohner werden gefangengehalten und weggesperrt. Nur eine Gruppe von jungen Patrioten kann entkommen und beginnt sich zu wehren. Die Jugendlichen verschanzen sich in den umliegenden Wäldern und starten Guerilla-Aktionen, um die Freiheit der Amerikaner zu verteidigen. Inspiriert von ihrem Highschool-Maskottchen nennen sie sich die "Wolverines". Zusammen versuchen sie zu überleben, ihre Stadt zu retten und ihre Freiheit zurückzuerobern.

Zehn Jahre sind vergangen, seit mit John Connors Hilfe der Weltuntergang verhindert und die Menschheit vor ihrer Zerstörung bewahrt wurde. Heute, im Alter von 25 Jahren, führt Connor ein Leben am Rande der Gesellschaft - ohne Wohnung, Kreditkarten, Mobiltelefon und ohne Job. Es gibt keinen Hinweis auf seine Existenz: er hinterlässt keine Spur, die von "Skynet? verfolgt werden könnte - dem hoch entwickelten Netzwerk von Maschinen, die einst versucht hatten, ihn zu töten und Krieg gegen die Menschen zu führen. Bis der T-X aus dem Schatten der Zukunft tritt: Skynets bisher am höchsten entwickelte, tödliche Menschmaschine, ebenso sexy wie gnadenlos. T-X soll vollenden, was ihr Vorgänger T-1000 nicht ausführen konnte. Connors einzige Überlebenschance ist der Terminator, die legendäre, einst auf ihn angesetzte Killermaschine. Ihnen bleibt nur wenig Zeit: Sie müssen T-X ausschalten - sonst ist die Apokalypse nicht aufzuhalten.