In der Zukunft steht die Welt endgültig am Rande einer ökologischen Katastrophe. Gleichzeitig ist die Menschheit so weit entwickelt, dass sie künstliche Intelligenzen und Roboter erschafft. Jacq Vaucan ist Versicherungsagent bei ROC, dem Konzern hinter der Schöpfung jener Maschinen, und untersucht routinemäßig einige Fälle von Roboter-Fehlfunktionen. Als er feststellt, dass diese auf mutwillige Manipulation zurückführen sind, stößt er auf Dinge, die das Schicksal der Menschheit verändern könnten. Was ist, wenn Maschinen sich selbst reparieren, ihre eigene Programmierung ändern? Es könnte dazu führen, dass sie auch ein eigenes Bewusstsein entwickeln. Doch diese Vorstellung ist für die Menschen, die mittlerweile von Robotern umgeben leben, derart beängstigend, dass entsprechende Gegenmaßnahmen unausweichlich scheinen...

In diesem Teil wird Juni Cortez erneut von der Spionageorganisation OSS um Hilfe gebeten, denn seine Schwester Carmen ist einem gefährlichen Videospiel gefangen und Juni hat nur wenig Zeit, sie zu befreien.

Im zweiten Teil von Robert Rodriguez Spy Kids-Reihe müssen es die Kinderagenten Carmen und Juni mit einem verrückten Wissenschaftler aufnehmen, der auf einer geheimnisvollen Insel dubiose Experimente durchführt. Dabei bekommen sie Konkurrenz von zwei weiteren Jungspionen.