In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation ?Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran ...

Agent J muss die Erde wieder vor einigem Abschaum bewahren, denn in Gestalt des verführerischen Dessous-Models Serleena will ein Alien den Planeten unterjochen. Dabei benötigt J die Hilfe seines alten Partners Agent K. Der wurde aber bei seiner ?Entlassung" geblitzdingst und so muss J seine Erinnerung erst mal etwas auffrischen, bevor es auf die Jagd gehen kann.