Mehr als eine Dekade nach dem Ende des Amerikanischen Bürgerkriegs: Detective Breecher wird von einem der ersten afroamerikanischen Präsidenten engagiert, um die drei grausamsten Kriegsverbrecher der letzten Jahre aufzuspüren - mit nichts weiter ausgestattet als seinem Revolver und seinem wachen Verstand. Auf seiner Tour trifft er jedoch die Pionierin Sarah, die seine Mission und Entschlossenheit auf eine harte Probe stellt.

Auf der Erde sind im 26. Jahrhundert 300 Jahre nach dem großen Krieg die gesellschaftlichen Systeme zerfallen. Bei seiner Suche nach Cyborg-Technologie rettet der mysteriöse Wissenschaftler Dr. Ido aus einem Schrotthaufen eine weibliche Cyborg. Er flickt die künstliche Frau, deren Körper bis auf ihr menschliches Gehirn aus Maschinenteilen besteht, wieder zusammen, und wird zu einer Art Ersatzvater für sie. Doch Alita ist ein gefährliches Wesen. Sie kann sich nicht erinnern, wer sie ist oder woher sie kommt. Dr. Ido jedoch glaubt, dass sie diejenige ist, die den Kreislauf von Tod und Zerstörung, der von Tiphares zurückgelassen wurde, durchbrechen kann. Um ihrer wahren Bestimmung zu folgen, muss Alita kämpfen und töten. Als ein Geschenk des Himmels ist sie doch auch ein Engel des Todes.