Eine Insel wird fast ausschließlich von glücklichen, flugunfähigen Vögeln bewohnt. In diesem Paradies gehörten Red, ein Vogel mit der Neigung zu cholerischen Wutausbrüchen, der blitzschnelle Chuck und der unberechenbare Bombe schon immer zu den Außenseitern. Doch als die Insel eines Tages von mysteriösen grünen Schweinchen besucht wird, liegt es an diesen drei Ausgestoßenen, die unterschiedlicher nicht sein könnten, herauszufinden, was die Schweine im Schilde führen.

Ein Jahr ist vergangen, seit Clownfisch-Vater Marlin seinen verschollenen Sohn Nemo quer durch den ganzen Ozean gesucht hat und dabei tatkräftig von der vergesslichen Doktorfisch-Dame Dorie unterstützt wurde. Die Aufregungen des Abenteuers liegen mittlerweile lange zurück und die drei sind wie eine kleine Familie. Doch als Dorie eines Tages eine scheinbar unbedeutende Beobachtung macht, schießt es ihr plötzlich durch den Kopf: Wo sind denn eigentlich ihre Eltern abgeblieben? Kleine Bruchstücke ihrer Vergangenheit kommen auf einmal zurück und lassen sie nicht in Ruhe. Für Dorie ist klar: Dieses Mal muss sie sich auf die Suche begeben. Gemeinsam mit Marlin und Nemo macht sie sich auf eine Reise voller Gefahren, die sie bis ins Meeresbiologische Institut in Kalifornien führt. Doch wird sie dort endlich mit ihrer Familie wiedervereint?