Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Auf dem ersten Blick sind Charlie und Annie das perfekte Paar. Das ändert sich jedoch, als die beiden eines Tages von zwielichtigen Gestalten überrascht werden und Charlie heftig zugerichtet wird. Daraufhin gesteht er seiner Freundin, dass er nicht der Mann ist, als der er sich ausgibt, sondern im Rahmen des Zeugenschutzprogramms untergetaucht ist, da er gegen seine ehemaligen Partner ausgesagt hat. Diese haben ihn nun aber gefunden, weshalb Charlie und Annie nun gemeinsam in eine neue Zukunft davonlaufen müssen, um vor dem skrupellosen Alex Dmitri sicher zu sein ...

Der Film dreht sich um einen ehemaligen Feuerwehrmann, der vor Kurzem in den Ruhestand gegangen ist, und jetzt zu Hause gerne einen ruhigen Lebensabend verbringen würde. Daraus wird allerdings nichts, weil seine beiden Söhne, beide Mitte 20, noch bei ihm und seiner Frau leben. Da er sich nicht anders zu helfen weiß, entführt er kurzerhand seine beiden Sprößlinge.

Nachdem er von einer genetisch veränderten Libelle gebissen wurde, bekommt der Außenseiter Rick Riker Superkräfte und besitzt von nun an unglaubliche Körperkraft und eine gepanzerte Haut. Rick beschließt seine Superkräfte für das Gute einzusetzen und geht unter dem Namen "The Dragonfly" auf Verbrecherjagd. Sein Gegenpart ist der gefürchtete Bösewicht Lou Landers, der nach einem fehlgeschlagenen Experiment die Gabe besitzt, Menschen die Lebenskräfte zu entziehen. Wird Riker den Bösewicht besiegen können?