2008 gelingt Tiffany Rubins die Befreiung ihres siebenjährigen Sohnes Kobe, der von seinem koreanischen Vater aus ihrem Haus in Queens entführt und in sein Heimatland verschleppt wurde. Auf Drängen ihrer Mutter Belzora sucht sich Tiffany Hilfe bei Mark Miller, der bei der ?American Organisation for Lost Children" arbeitet. Mit seiner Hilfe reist sie nach Korea, um ihren Sohn nach Hause zu bringen.

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation ?Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran ...