Während des Kalten Kriegs: Oleg Penkowski ist ehemaliger Geheimdienstoffizier der Sowjetunion und hat noch immer Kontakte in den Kreml, weshalb er nun die westlichen Geheimdienste mit Informationen versorgt. Angesichts der zunehmenden Eskalation des Konflikts mit den USA und der impulsiven Natur von KPdSU-Parteichef Nikita Khrushchev fürchtet Penkowski einen drohenden Krieg und beschließt zu handeln. Er kontaktiert im Geheimen die amerikanische Botschaft in Moskau. CIA-Agentin Emily Donovan holt schließlich auch den britischen MI6 an Bord, denn sie hat einen Plan: Der unauffällige und harmlose Vertreter Greville Wynne soll nichtsahnend mit Penkowski Kontakt aufnehmen. Nach und nach freunden sich die beiden Männer bei gegenseitigen Besuchen in Moskau und London an, doch die westlichen Geheimagenten spannen Wynne auch immer mehr in ihre Ränkespiele ein...

Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.