Japan gegen Ende des 16. Jahrhunderts: Der japanische Kaiser Ishida will die nationale Einigung. Und so hat er ein Heer von zwanzigtausend Männern um sich geschart, um auch die letzten widerspenstigen Provinzen von der Idee zu überzeugen - wenn nötig mit Gewalt. Der militärische Führer Narita Nagachika (Mansai Nomura) will aber lieber unabhängig bleiben. Doch er wird hinter seinem Rücken als ungeschickt und unerfahren betitelt und bekommt daher den wenig schmeichelhaften Spitznamen "Dummkopf" verpasst. Als er aber dann verantwortlich für fünfhundert Mann gegen die zwanzigtausend-starke Armee unter dem Kommando des mächtigen Toyotomi Hideyoshi (Masachika Ichimura) in den Kampf zieht, kann er sich zum ersten Mal mit cleveren Einfällen erfolgreich beweisen. Unterstützung erhält er dabei von Kaihime (Nana Eikura), der Tochter seines Bruders. Gemeinsam ziehen sie in die Schlacht, um Japan vor einer grausamen Übernahme des Feindes zu verteidigen ...

Als die japanische Küstenwache eine verlassene Yacht in der Bucht von Tokio inspiziert, wird sie scheinbar aus dem Nichts angegriffen. In der Folge häufen sich ähnliche Zwischenfälle, so dass Deputy Chief Cabinet Secretary Rando Yaguchi bald überzeugt ist, dass eine Art unbekanntes Lebewesen dahintersteckt. Mit seinen Warnungen stößt er jedoch so lange auf taube Ohren, bis sich plötzlich eine gigantische Kreatur aus dem Wasser erhebt und alles, was ihr im Weg steht, zerstört. Yaguchi stößt währenddessen auf die Forschungsarbeit eines in Ungnade gefallenen Professors und entdeckt, dass die Godzilla getaufte Kreatur durch radioaktive Strahlung entstanden ist. Das japanische und amerikanische Militär ist hilflos gegen Godzilla, also muss Yaguchi einen Weg finden, das Monster zu besiegen. Mit Hilfe der US-Sondergesandten Kayoko Ann Patterson schmiedet er einen Plan ...