Über 25 Jahre nach dem Zweiten Weltkrieg unternimmt der weltbekannte Kriegsfotograf W. Eugene Smith eine Reise an die Küste Japans, um in dem dort ansässigen Fischerdorf Minamata die grausamen Einflüsse der Umweltverschmutzung durch Großkonzerne für das Life Magazin zu dokumentieren. Smith hält die Folgen der Massenvergiftung der Bewohner durch Quecksilber unter hohem persönlichen Einsatz fotografisch für die Ewigkeit fest.

1638 brechen Pater Sebastião Rodrigues und Pater Francisco Garupe von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristóvão Ferreira seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Sebastião auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft der Shogune zerrissene Land die immerwährende Frage: Wie kann Gott zu all dem schweigen?

Die berühmte amerikanische Sopranistin Roxanne Coss reist nach Südamerika in eine vom Militär regierte Diktatur, um dort auf der Geburtstagsfeier des japanischen Industriellen Katsumi Hosokawa ein Privatkonzert zu geben. Doch plötzlich taucht eine Gruppe Guerillas unter der Leitung von General Benjamin auf und nimmt die Gesellschaft als Geiseln, mit denen sie ihre inhaftierten Kameraden freipressen wollen. Das eigentliche Ziel, der Präsident des Landes, ist nämlich gar nicht anwesend.

1638 brechen Pater Sebastião Rodrigues und Pater Francisco Garupe von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristóvão Ferreira seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Sebastião auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft der Shogune zerrissene Land die immerwährende Frage: Wie kann Gott zu all dem schweigen?

Die Schwestern Sachi (Haruka Ayase), Yoshino (Masami Nagasawa) und Chika (Kaho) leben gemeinsam in einem großen Haus in Kamakura, einer Küstenstadt unweit von Tokio. Zur Beerdigung ihres Vaters, der die Familie vor 15 Jahren verlassen hat, reisen die drei jungen Frauen aufs Land. Dort treffen sie ihre Halbschwester Suzu (Suzu Hirose), die nun auf sich allein gestellt ist. Obwohl sie die schüchterne 13-Jährige kaum kennen, bieten sie ihr kurzerhand an, zu ihnen nach Kamakura zu ziehen. Suzu nimmt die Einladung an und so beginnt für die vier Schwestern ein neues Leben, in dem zwar die Vergangenheit ihren Platz hat, aber einzig die Gegenwart zählt.

Alles beginnt mit einer kleinen Warnung. Als Sekiuchi, der Kaichô des Sannô-kai-Clans, seinem Unterboss Ikemoto zu verstehen gibt, dass er dessen Anbandelei mit der Murase-gumi (mit deren Oberhaupt Ikemoto im Gefängnis Bruderschaft geschlossen hat) gar nicht gut findet, beauftragt dieser seinen Freund Ôtomo und dessen Gruppe dort ein neues Büro zu eröffnen und so für etwas Zwist zu sorgen. Was am Anfang noch zu funktionieren scheint, gerät allerdings langsam aber sicher immer mehr außer Kontrolle, als einer von Ôtomos Männern in einer Hostessen-Bar von Murase ausgenommen wird. Es beginnt eine Spirale aus Racheaktionen und Intrigen, bei denen schnell klar wird das der Kaichô im Hintergrund ebenfalls kräftig an den Fäden zieht und schließlich eskaliert die Situation in einer Gewaltorgie.

Enoch ist ein todessehnsüchtiger Teenie, der regelmäßig auf Beerdigungen von Fremden vorbeischaut. Sein Freund ist der Geist eines japanischen Kamikazefliegers aus dem Zweiten Weltkrieg. Er ist der einzige, mit dem er über Gott und die Welt plaudern kann, bis ihm die schöne Annabelle begegnet. Sie nimmt ihn bei der Beerdigung einer ihrer Freundinnen vor dem Pfarrer in Schutz, als der Enoch ein für allemal vom Friedhof vertreiben will. Der Junge verliebt sich gerade so schnell in Annabelle, wie die knappe Zeit es ihm erlaubt. Annabelle leidet an einer schweren Krankheit und wird nicht mehr lange leben.

Die Pazifikinsel Iwo Jima im Februar 1945: Unter dem Kommando von General Tadamichi Kuribayashi bereiten sich die japanischen Truppen auf dem Militärstützpunkt auf die bevorstehende Invasion US-amerikanischer Truppenverbände vor. Kuribayashi, der vor dem Krieg die USA bereist hat, weiß genau, dass seine Truppen zahlenmäßig hoffnungslos unterlegen sind, rüstet aber mit strategischem Geschick und der Hilfe seines adligen Freundes Baron Nishi zur Verteidigung der Insel. Da die meisten Soldaten sich über die aussichtslose Lage bewusst sind und wissen, dass sie Iwo Jima höchstwahrscheinlich nicht lebend verlassen werden, schreiben sie ihren Angehörigen in der Heimat Abschiedsbriefe. Als die Amerikaner, die an einen schnellen Sieg über die Japaner glauben, auf der Insel landen, treffen sie auf heftigen Widerstand und einen gut organisierten Gegner, der ihnen fast 40 Tage lang mit dem Mut der Verzweiflung und großer Opferbereitschaft empfindliche Verluste zufügt.