Seit die Erde von riesigen Kreaturen, den sogenannten Titanen, heimgesucht wird, ist nichts mehr wie vorher. Die Menschheit kämpft um ihr Überleben und sorgt im Rahmen dieses Überlebenskampfes dafür, dass Godzilla und King Kong aufeinandertreffen und sich eine wahrlich titanische Schlacht liefern. Unterdessen versucht die Geheimorganisation Monarch die Ursprünge der Titanen herauszufinden und beginnt eine gefährliche Mission. Und eine andere Gruppierung will die riesigen Kreaturen ein für allemal auslöschen, egal ob diese gut oder böse sind.

Es ist das Jahr 2977, die Menschen haben den Weltraum erobert und kamen seither mit zahlreichen fremden Spezies in Kontakt, der nicht immer freundlich verlief. Seit geraumer Zeit herrscht ein Krieg, der sich über die ganze Galaxie erstreckt. Neue Gefahr droht durch eine menschliche Rasse, deren Vorfahren vor Unzeiten ins Exil geschickt worden waren und die nun die Erde als ihre rechtmäßige Heimat zurückfordern wollen. Auf der Erde wiederum hat die korrupte Gaia Coalition das Sagen, die ihre Vormachtstellung bedroht sieht und diese mit allen zur Verfügung stehenden Mitteln zu verteidigen sucht. Space Pirate Captain Harlock gerät zwischen die Fronten, da er sich nicht von einer Seite in Beschlag nehmen will, sondern seinem moralischen Kompass vertraut. Ihm zur Seite steht eine bunt zusammengewürfelte Crew, die mit ihm an Bord der Arcadia durch die Hölle gehen würde...

Während eines Treffens wird der Vorsitzende der geheimen Diebesgilde "The Works" umgebracht und das unbezahlbare Collier von Kleopatra geklaut. Meisterdieb Lupin schwört daraufhin, den Mord an seinem einstigen Mentor zu rächen und das wertvolle Halsband zurückzustehlen. Unterstützt wird er dabei vom schwertschwingenden Samurai Goemon, dem schweigsamen Meisterschützen Jigen und der unberechenbaren Femme fatale Fujiko. Auf der weltumspannenden Suche nach den Drahtziehern und dem Schmuckstück dicht auf Lupins Fersen: Inspektor Zenigata, der davon besessen ist, Lupin endlich zur Strecke zu bringen!