Die amerikanische Flugbegleiterin Linda befürchtet, dass ihre Schwester Celine gekidnappt wurde. Inspektor Enzo Avolfi fürchtet Schlimmeres. Er glaubt, dass ein Serienkiller sie sich geschnappt hat. Die Flugbegleiterin und der Inspektor tun sich zusammen, um das berühmte Model aus den Fängen des Sadisten zu befreien. Der Killer sucht sich ausschließlich Ausländer und zerstört ihre Schönheit. Von dem jüngsten Opfer, einer japanischen Frau, erfahren die beiden, dass der Mörder gelbe Haut hat. Aber noch ist der vermeintlich gelbsüchtige Mörder auf freiem Fuß.

Keiner kennt die Tiefen der sieben Meere besser als Dokumentarfilmer Steve Zissou, der mit seinem "Team Zissou" das Leben unter Wasser im U-Boot erforscht. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt und setzt nun alles auf eine Karte, um sich mit einer aufsehenerregenden und womöglich letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Bei seiner letzten Expedition kam Steves Partner Esteban du Plantier ums Leben, weil ihn ein bis dahin unbekannter Jaguarhai angegriffen hat. Diesem seltsamen Geschöpf will Steve nun an den Kragen. Zu seinen Expeditionsteilnehmern gehören der verschrobene Deutsche Klaus Daimler, der Sicherheitsexperte Pelé dos Santos, Anne-Marie Sakowitz, Steves angeblicher Sohn Ned Plimpton und die schwangere Journalistin Jane Winslett-Richardson. Schon kurz nach der Abfahrt häufen sich die Probleme und Steves langjähriger Widersacher Alistair Hennessey macht die Aufgabe auch nicht leichter.