Snake Eyes ist ein Einzelgänger, der dem Thronfolger eines alten japanischen Clans das Leben gerettet hat, woraufhin er in den Arashikage Clan aufgenommen wird. Doch vorher muss er sich beweisen: Die Killer des Arashikage Clans übernehmen Aufträge, an die sich sonst keiner rantraut, und nur besonders gute Kämpfer werden dafür ausgewählt. Snake Eyes trainiert entschlossen bei seinem Lehrer Hard Master, um sein Ziel zu erreichen. Während dieser Lehrzeit bietet die Gruppe ihm etwas, wonach er sich schon lange sehnt: ein Zuhause und Sicherheit. Doch als dunkle Geheimnisse aus seiner Vergangenheit aufgedeckt werden, werden Snake Eyes' Ehre und Loyalität auf die Probe gestellt. Er muss eine Entschiedung treffen und in einen unerbittlichen Kampf ziehen - selbst wenn das bedeutet, das Vertrauen derer zu verlieren, die ihm am nächsten stehen.

Spacecom-Raumfahrt-Ingenieur Roy McBride ist ein glücklich verheirateter, leicht autistischer Einzelgänger, der es nie verwunden hat, dass sein Vater vor 20 Jahren zu einer mysteriösen Mission zum Neptun aufbrach, von der er nie zurückkehrte. Er wollte dort nach intelligentem, außerirdischen Leben suchen und hat dabei mit höchst gefährlichem Material experimentiert. Warum sein Vater nie zurückkehrte und ob er fand, wonach er suchte, möchte Roy nun endlich herausfinden: Er startet selbst in den Weltraum und stößt dabei auf Geheimnisse, die alles, was wir über die menschliche Existenz und unseren Platz im Universum zu wissen glaubten, in Frage stellen - denn die Experimente seines Vaters bedrohen das ganze Solarsystem. Eine "Welle? ist entstanden, die zu gefährlichen Technikausfällen und Flugzeugabstürzen führt... Roy tritt mutig die Mission an, an deren Ende die Vernichtung der Arbeit seines verehrten Vaters stehen könnte.