Seit einem Jahrzehnt ist der psychopathische Killer John Kramer alias Jigsaw tot - oder zumindest wird er für tot gehalten. Denn plötzlich tauchen in der ganzen Stadt zahlreiche Leichen auf, die so grausam entstellt und verstümmelt sind, dass es eigentlich nur das Werk von Jigsaw sein kann. Ist Kramer also doch gar nicht tot? Oder setzt einer von Jigsaws Schülern das Werk seines Meisters fort? Während Ermittler wie die Detectives Halloran und Hunt mit Hochdruck nach dem Täter fahnden und sich bald gegenseitig verdächtigen, hinter den Morden zu stecken, wacht eine Gruppe von Fremden in einem schummrigen Raum irgendwo in der Stadt auf. Sie sind in einer von Jigsaws sadistischen Fallen gefangen und müssen zahlreiche blutige Prüfungen bestehen und ihre schlimmsten Sünden gestehen, um jemals wieder ihre Freiheit zurückzuerlangen. Die Folterspiele haben wieder begonnen...

1945 wird Captain Charles Butler McVay, Befehlshaber der USS Indianapolis, mit einer heiklen Mission betraut. Sein Schiff soll Bestandteile einer Atombombe transportieren. Um die USS Indiapanolis nicht zum Ziel japanischer Angriffe zu machen, werden sowohl Route als auch Fracht des Schiffes unter Verschluss gehalten, damit keine Informationen an den Feind durchsickern können. Dennoch versenkt am 30. Juli 1945 ein japanischer Torpedo das Schiff, das seine Ladung inzwischen ausgeliefert hat. Der Besatzung, die sich gerade so ins offene Meer retten kann, eilt jedoch lange niemand zu Hilfe, da die Mission der Indianapolis nur sehr wenigen Marinedienststellen überhaupt bekannt war. Im kalten Wasser werden die Matrosen und Soldaten schnell Opfer von Erschöpfung, Dehydrierung und Haien - und Charles Butler McVay muss sich später vor einem Militärgericht verantworten.

Eine mysteriöse Flotte taucht auf und beginnt die Erde zu attackieren. Der Eindringling ist unbekannt und sehr stark. Die einzige Hoffnung der Menschheit ist die Crew der USS Iowa - unter der Leitung von Captain Winston und General McKraken. Denn das Schiff ist nach der Erstattacke der Fremden das letzte amerikanische Kriegsschiff, das es noch mit den schier unbesiegbaren Streitmächten aufnehmen kann. Die Zukunft der Menschen liegt in ihrer Hand.