2067 steht die Erde kurz vor der Apokalypse, und die Menschheit kann nur mit künstlichem Sauerstoff leben. Doch dieser führt zu einer tödlichen Pandemie, welche die ganze Weltbevölkerung zu vernichten droht. Die letzte Hoffnung besteht darin, mittels einer Quantenzeitmaschine die Lösung in der Zukunft zu suchen. Die Nachricht aus der Zukunft fordert: "Schickt Ethan Whyte". Also wird der Tunnelarbeiter Ethan in eine ungewisse Zukunft geschickt, um den Untergang der Menschheit zu verhindern und das Leben seiner kranken Frau zu retten.

Alvin, Simon und Theodore machen Urlaub auf einem Luxuskreuzer und verwandeln die Decks in ihren persönlichen Spielplatz. Aber dann: Die Chipmunks erleiden Schiffbruch! Und landen auf einer öden Insel. Während Dave Seville sich nur Gedanken darüber macht, dass sie sich unerlaubt von der Gruppe entfernt haben, hauen die Chipmunks auf den Putz, wie man es von ihnen kennt. Sie singen, tanzen und verbreiten Chaos. Aber sie erleben ihr blaues Wunder, als sie auf einer Abenteuerinsel einem Schiffbrüchigen begegnen, der Alvin und den Chipmunks durchaus gewachsen ist.