Bei einem Einsatz des IMF im Kreml kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall: IMF-Anführer Ethan Hunt wird Zeuge eines verheerenden Bombenattentats, das der IMF in die Schuhe geschoben wird. Die Regierung verleugnet die Elite-Abteilung und initiiert das Phantom-Protokoll, ihr einziger Kontakt zur Kommandostruktur wird ermordet. Mit seinen Leuten geht Ethan in den Untergrund, um auf eigene Faust den Drahtzieher zu stellen. Die Spur führt nach Dubai, wo sie dem undurchschaubaren Hendricks auf die Schliche kommen.

Psychiater Jack Gramm unterrichtet nicht nur als Professor am College in Seattle, sondern stellt seine besonderen Fähigkeiten auch in den Dienst des FBI. Ihm ist es zu verdanken, dass Serienkiller John Forster trotz unzulänglicher Beweise für schuldig erklärt wurde. Doch kurz vor Forsters Hinrichtung geschieht ein weiterer Mord, der in der gleichen bizarren Grausamkeit wie seine Vorgänger inszeniert wurde. Kurz bevor Gramm die Ermittlungen aufnehmen kann, erhält er die Nachricht, dass er in 88 Minuten sterben wird - mehr Zeit bleibt ihm nicht, um sein Leben zu retten.

Bei einem Einsatz des IMF im Kreml kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall: IMF-Anführer Ethan Hunt wird Zeuge eines verheerenden Bombenattentats, das der IMF in die Schuhe geschoben wird. Die Regierung verleugnet die Elite-Abteilung und initiiert das Phantom-Protokoll, ihr einziger Kontakt zur Kommandostruktur wird ermordet. Mit seinen Leuten geht Ethan in den Untergrund, um auf eigene Faust den Drahtzieher zu stellen. Die Spur führt nach Dubai, wo sie dem undurchschaubaren Hendricks auf die Schliche kommen.